摘要：miRNA被认为是一种调控基因表达的小分子RNA，我们一直认为miRNA只能自己细胞内产生，然后作用于自身机体，但是近年来越来越多的科学家陆续在人身上发现来自不同物种的miRNA，这些miRNA能和宿主的mRNA结合，表现出调节基因表达的功能。
条件性致病菌会在宿主免疫力下降时大量繁殖并侵入细胞引起疾病。事实证明有些癌症的发生与真菌的侵入有关，但是我们并不知道癌症的发生是否与真菌释放的miRNA有关。
基于上述的事实，我们通过测序数据分析癌症患者的发病和真菌的miRNA是否存在关联性，希望能够通过这些miRNA预测癌症的发生。
关键词 外源miRNA真菌癌症
毕业设计说明书外文摘要
Title Data mining and analysis of human serum small RNA
Abstract：MiRNA is considered to be a small molecule RNA that regulates the expression of genes. We have always believed that miRNAs can only be produced in their own cells and then act on their own bodies. However, in recent years, more and more scientists have found miRNAs from different species in humans, These miRNAs bind to the host mRNA and exhibit a function that regulates gene expression.
Conditional pathogens multiply and invade cells to cause disease when the host immunity is reduced. It has been shown that the occurrence of some cancers is related to the invasion of fungi, but we do not know whether the occurrence of cancer is related to the release of miRNAs by fungi.
Based on the above facts, we analyzed the incidence of cancer patients and the presence of fungal miRNAs by sequencing data, hoping to predict the occurrence of cancer by these miRNAs.
Keywords Exogenous miRNAs Fungi cancer
目 次
1引言3
1.1microRNA的发现3
1.2microRNA的产生3
1.3microRNA的功能4
1.3.1microRNA作用机制.4
1.3.2microRNA和疾病.5
1.4真菌和疾病.6
1.5分子标记物.7
1.6高通量测序知识.8
1.6.1测序原理8
1.6.2测序文件格式.10
2收集数据并分析.11
2.1收集血清11
2.2构建测序文库并测序11
2.3分析数据11
2.3.1使用FastQC用质量控制.11
2.3.2去除接头序列.11
2.3.3使用FastQC用质量控制.12
2.3.4比对到基因组序列.12
2.3.5去除测序数据中的人类基因片段.12
2.3.6检测外源基因片段.12
2.4流程图总结13
3实验结果.14
3.1FastQC检测序列是否合格.14
3.2去除接头序列19
3.3再一次使用FastQC检测质量.19
3.4将所有样本比对到人类基因组20
3.5检测外源基因片段21结论.28
致谢.29
参考文献30
第II页 人血清小RNA数据挖掘与分析
1 引言
1.1 microRNA的发现
Ruvnkun和Ambros实验室在20世纪末发现了第一个microRNA，它被命名为lin-4[1,2]。在线虫中有一个叫做lin-4的基因，经研究发现它的功能活性对L1到L2转化阶段的幼虫来说至关重要[3]。一些丢失了Lin-4基因功能的动物不能够产卵，而且会在幼虫发育晚期不断重复早期的发育模式。Ferguson等人在1987年发现如果lin-4基因突变丧失生物功能后，可以通过抑制lin-14基因的表达来恢复lin-4基因突变前的生物表型[3]，可以通过这种现象推断出lin-4基因可以对lin-14基因进行负调控调节[4]。随后，Ambros等人发现包括lin-4基因部分的片段没有传统意义上的起始密码子和终止密码子，结合其他实验证据，Ambros认为lin-4基因不像其他蛋白质编码基因一样编码蛋白质。Ruvnkun和Ambros在1992年提出lin-4基因的转录产物和lin-14基因的转录产物3’UTR区域有一段重复互补序列[2,4,5]。紧接着在1993年，Ruvnkun和Ambros等人报道了lin-4基因的产物能够通过结合lin-14基因的转录产物来降低lin-14基因的表达，这时第一个microRNA就被发现和被命名为lin-4[1,2]。 人血清小RNA数据挖掘与分析:http://www.chuibin.com/shengwu/lunwen_205650.html