反应完成后，取3lPCR产物进行1%琼脂糖凝胶电泳检测（琼脂糖粉末0.2 g与1×TBE 缓冲液20 ml混合加热溶解，制胶后上样，电泳时电压为90V，时间大约30到45分钟），来确认PCR扩增片段。用Marker做对照，若仅在1500bp左右出现了一条条带，则证明DNA片段扩增成功，可以将剩下的样品送去公司测序。

测序结果获得以后，用NCBI Blast程序将拼接后的序列文件与NCBI数据库中的数据进行比对，得到与待菌种序列相似性最大的菌种信息，即为鉴定结果。